Methotrexat wird als Standardtherapie bei anderen Autoimmunerkrankungen, vor allem dem Rheuma eingesetzt. Die Dosierung von 7,5 mg wird dabei mittlerweile als zu gering angesehen (s.u.), da ein Großteil des Medikaments vor Erreichen des Blutsystems von der Leber wieder abgebaut wird. Insofern ist möglicherweise die Dosierung in den MS-Studien zu gering gewesen.