Durch das Erfassen vor allem von schweren Krankheitsverläufen in MS-Studienzentren entsteht eine Auswahlverzerrung. Damit erscheint die MS ungünstiger im Verlauf, als sie wirklich ist. Hier besteht unter verschiedenen Wissenschaftlern Streit darüber, ob es einen gutartigen Verlauf der Erkrankung gibt oder nicht. Große, streng populationsbasierte Untersuchungen gibt es kaum. Darüber hinaus ist es eine offene Frage, was gutartig zu nennen ist: z.B. eine Gehstrecke von mindestens 500 Metern nach 20 Jahren, nach 30 Jahren oder gar keine Begrenzung der Gehstrecke. Ob die großen Prognosestudien, deren Datenbanken Mitte der 90-er Jahre geschlossen wurden, die heute gültigen Prognosen widerspiegeln, ist darüber hinaus offen. Zum einen hat sich die medizinische Versorgung allgemein verbessert, zum anderen bestehen seit 1995 die ersten Zulassungen für MS-Medikamente. Schließlich wurden 2001 neue Diagnosekriterien eingeführt, die eine frühere Diagnosestellung erlauben. Damit verändert sich die Prognose der MS vermutlich hin zu mehr gutartigen Verläufen.