Patienten unter Cladribin zeigten gegenüber Placebo-Behandelten geringfügig häufiger Infektionen der oberen Luftwege, sowie Muskelschwäche und Hautausschläge. Wie erwartet kam es zu einem Abfall der der Anzahl weißer Blutzellen (insbesondere der Lymphozyten). Bei hohen Dosierungen kann Cladribin zu Schädigungen des Nervensystems führen (in Form einer so genannten Polyneuropathie).