Zur Wirkungsweise von Glatirameracetat bestehen nur Modellvorstellungen, da der genaue Wirkmechanismus noch nicht komplett verstanden ist. Vermutet wird, dass Glatirameracetat wie eine Art Desensibilisierung wirkt, die man auch zur Behandlung von Allergien nutzt. Durch die Konfrontation mit einer dem Myelin ähnlichen Substanz soll das Immunsystem wieder lernen, Myelin zu tolerieren und nicht anzugreifen.